Na konci 80. let ekonomika výrazně stagnovala, což se projevilo na celkové kvalitě výstavby a postupném omezování rozvoje metra. Do toho přišla Sametová revoluce. 22. února 1990 došlo po rozhodnutí rady města k přejmenování 13 stanic. Postupně se přehodnocovaly plány dalšího rozvoje. Zpomalila se celková výstavba, ale zato se začaly vylepšovat jednotlivosti. Zvyšovala se kvalita technického zázemí, začaly se postupně vyměňovat sovětské eskalátory, postupně se rekonstruovaly vlakové soupravy. Změny byly méně viditelné, ale pro kvalitu a bezpečnost provozu důležité. Nejdůležitější a současně finančně nejnáročnější změnou je budování výtahů a přístupů pro osoby se sníženou schopností pohybu a orientace.
Ve znamení změny
1. Leninova → Dejvická
2. Sokolovská → Florenc
3. Moskevská → Anděl
4. Švermova → Jinonice
5. Dukelská → Nové Butovice
6. Fučíkova → Nádraží Holešovice
7. Gottwaldova → Vyšehrad
8. Mládežnická → Pankrác
9. Primátora Vacka → Roztyly
10. Budovatelů → Chodov
11. Družby → Opatov
12. Kosmonautů → Háje
Toto přejmenování šlo postupně, aby nezpůsobilo mezi cestujícími dezorientaci a zmatek. Ekonomika se teprve rozbíhala, ale pražské metro vykročilo na cestu k úrovni vyspělých zemí.
