V úterý 13. srpna 2002, ani ne půl hodiny po ukončení provozu, začala do ohrožených míst téct voda. Tak rychle, že už nešlo přesunout do depa poslední dvě soupravy z linky B. Povodně zatopily značnou část tunelů metra, nejvíce postižená byla linka B; provoz se plně obnovil až v březnu 2003. Systém ochrany metra včetně tlakových uzávěrů selhal, voda obešla protipovodňová vrata jinudy, například úsekem II. B, kde se na konci 80. let ochrana metra vůbec nedobudovala, či z rozestavěného úseku IV. C1. Celkem bylo zaplaveno 19 stanic metra. Výška hladiny v Chuchli byla 14. srpna 800 cm (běžně je 58 cm). Pětisetletá povodeň v Praze trvala 12 dní a zasáhla 5,8 procenta rozlohy města, evakuováno muselo být téměř 50 000 obyvatel. Škody pražského metra dosáhly výše téměř 7 miliard korun.
S čím nikdo nepočítal
Na dobovém plánku je vidět rozsah poškození i vážnost zásahu do každodenního života Pražanů.
Zaplavený vstup do stanice metra Florenc.
Obnova stanice Muzeum-A.
Rekonstrukce stanice metra po povodních. Odvoz suti probíhal pomocí dieselelektrických lokomotiv a přívěsných plošinových vozíků.
Náhradní doprava za metro C byla zajišťována autobusovou dopravou X-C, částečně vedenou ve vyhrazených pruzích. Zbývající dvě tratě metra byly nahrazeny zvláštními tramvajovými linkami X-A a X-B. Povrchová doprava se na několik měsíců vrátila do období před metrem a mimořádná situace jí v mnoha ohledech pomohla k dalšímu rozvoji – zejména v oblasti preferenčních opatření. Snímek konvoje autobusů ve vyhrazeném pruhu byl pořízen na Nuselském mostě.
Jedna z vyplavených souprav ve stanici Florenc-B.
Uzavřená stanice metra Vysočanská s operativními informacemi pro cestující a směrovkami na náhradní tramvajovou dopravu.
Dočasný přestupní uzel povrchové dopravy ve stanici Vltavská.
Demontážní práce ve stanici Florenc-B po odčerpání vody.
Odčerpávání vody ze stanice Vltavská.
Zaplavené okolí stanice metra Vltavská.